Historia Wojskowego Przedsiębiorstwa Handlowego Sp. z o.o. z siedzibą w Warszawie sięga przełomu lat 1949/1950, gdy na podstawie Zarządzenia Ministra Obrony Narodowej z dnia 19 grudnia 1949 r. rozpoczęło swoją działalność Przedsiębiorstwo Państwowe „Wojskowa Centrala Handlowa”.
W dniu 1 lipca 1990 r. na mocy Zarządzenia Nr 48 Ministra Obrony Narodowej z dnia 11 czerwca 1990 r. nastąpił podział „Wojskowej Centrali Handlowej”. Powstały wówczas przedsiębiorstwa państwowe, które zostały przekształcone w samodzielne podmioty podległe Ministrowi Obrony Narodowej. Na bazie Oddziału Stołecznego Wojskowej Centrali Handlowej i Oddziału Wojskowej Centrali Handlowej w Warszawie powstało Wojskowe Przedsiębiorstwo Handlowe w Warszawie.
Przedmiotem działalności Wojskowego Przedsiębiorstwa Handlowego w Warszawie miało być zaspokajanie potrzeb żołnierzy, pracowników wojska, emerytów i rencistów wojskowych oraz jednostek i instytucji wojskowych w zakresie sprzedaży towarów, a także świadczonych usług. Aby można było realizować te zadania, przedsiębiorstwo dysponowało siecią kantyn oraz sklepów spożywczych i mundurowych ulokowanych głównie na terenach lub w bezpośredniej styczności z dużymi jednostkami organizacyjnymi MON.
Na mocy Zarządzenia nr 80 Ministra Obrony Narodowej z dnia 8 czerwca 1994 r. połączono Wojskowe Przedsiębiorstwo Handlowe w Warszawie i Wojskowe Przedsiębiorstwo Handlu Hurtowego w Likwidacji w Warszawie. Z obu przedsiębiorstw państwowych utworzono z dniem 1 lipca 1994 r. jedno przedsiębiorstwo pod nazwą Wojskowe Przedsiębiorstwo Handlowe w Warszawie. Nowo powstałe przedsiębiorstwo kontynuowało zakres działalności prowadzonej dotychczas przez połączone podmioty.
Przemiany ustrojowe nie miały szczególnego wpływu na funkcjonowanie przedsiębiorstwa – WPH w Warszawie nadal podlegało pod MON, świadcząc usługi na rzecz służb mundurowych. Zmiany nastąpiły dopiero w 2007 r. Wówczas, w wyniku komercjalizacji przedsiębiorstwa państwowego pod nazwą Wojskowe Przedsiębiorstwo Handlowe w Warszawie została utworzona spółka Wojskowe Przedsiębiorstwo Handlowe Sp. z o.o. W dniu 12 grudnia 2007 r. Spółka została wpisana do rejestru przedsiębiorców KRS pod numerem 0000294679. Uprawnienia właścicielskie Skarbu Państwa wykonywane w stosunku do Wojskowego Przedsiębiorstwa Handlowego Sp. z o.o. przejął Minister Skarbu Państwa.
W związku z likwidacją z dniem 1 stycznia 2017 roku Ministerstwa Skarbu Państwa, nadzór nad Wojskowym Przedsiębiorstwem Handlowym Sp. z o.o. wykonywał Minister Obrony Narodowej.
Zgodnie z Rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 12 czerwca 2017 roku zmieniającym Rozporządzenie w sprawie wykazu spółek, w których prawa z akcji Skarbu Państwa wykonują inni niż Prezes Rady Ministrów członkowie Rady Ministrów, pełnomocnicy Rządu lub państwowe osoby prawne (Dz.U.2017 poz. 1164) od dnia 20 czerwca 2017 roku prawa z akcji Skarbu Państwa w przypadku Wojskowego Przedsiębiorstwa Handlowego Sp. z o.o. z siedzibą w Warszawie wykonywała Agencja Mienia Wojskowego.
Od dnia 7 grudnia 2019 r. na podstawie Rozporządzenia Prezesa Rady Ministrów w sprawie wykazu spółek, w których prawa z akcji Skarbu Państwa wykonują inni niż Prezes Rady Ministrów członkowie Rady Ministrów, pełnomocnicy rządu lub państwowe osoby prawne, w tym jednoosobowe spółki Skarbu Państwa z dnia 5 grudnia 2019 r. (Dz.U. 2019 poz. 2369) Spółka została objęta nadzorem właścicielskim Ministerstwa Aktywów Państwowych.
Obecnie Spółka zarządza siecią sklepów spożywczych w sieci GROSZEK oraz sklepów mundurowych dostarczając artykuły mundurowe, militarne, survivalowe oraz outdoorowe. Świadczy również usługi krawieckie i hafciarskie dla służb mundurowych oraz klientów instytucjonalnych i indywidualnych. Ponadto posiada w ofercie powierzchnie biurowe i magazynowe pod wynajem.
Firma jest laureatem ,,Złotego Grosza’’ w 2000 r. i czwartej edycji ,,Medalu Europejskiego’’ z 2002 r. Od 2011 r. uczestniczy w programie Rzetelna Firma.
Spółka należy również do elitarnego klubu Gazel Biznesu, wśród których znajdują się najdynamiczniej rozwijające się przedsiębiorstwa.
Wyróżnienie to przyznano WPH Sp. z o.o. czterokrotnie – ostatni raz w 2018 roku.